Удаляете вообще из файла (если они не нужны), но не при помощи плеера (для этого используются другие программы). Оригинал всегда можно оставить нетронутым, т. е. со всеми дорожками, что скачали.
Media Player Classic обладает функцией переключения аудио дорожек и субтитров, как и KMPlayer и Daum PotPlayer. Но два последних плеера используют встроенные в них кодеки, а Media Player Classic работает с внешними кодеками (придётся устанавливать отдельно), как мне помнится (давно его не пользовал).