После выставления нужных настроек, клиент нужно перезапустить (закрыть программу и запустить заново).
Всё зависит от желаемого. Я, к примеру, сначала сохраняю торрент файл в нужном мне месте с понятным мне именем, а уже потом (не обязательно в тот же день) добавляю его в клиент.