В клиенте qBittorrent есть лейблы при добавлении которых клиент сам будет сортировать файлы в одноименные папки (даже если торрент был уже скачен, то перенесется), либо можно использовать "отслеживаемые папки" - указываем такую папку, кладем в нее торрент и клиент сам в эту папку закачает файлы.

Теперь когда качаем музыку, то указываем лейбл "музыка" и файл сохранится в папку "/downloads/музыка", когда понадобится скачать книжку, то ставим лейбл "книги" и файл автоматом сохранится в папку "/downloads/книги". В случае ошибочного указания лейбла в окне со списком всех торрентов выбираем нужный торрент и через правую кнопку мыши назначаем правильный лейбл - все файлы перенесутся в нужную папку и сидирование продолжится без каких-либо проблем.

Так же есть удобный фильтр по имени трекера, который не сбивает сортировку по времени.