Некоторые указывают в качестве расположения служебной папки
%AppData%uTorrent, что обычно подходит для обоих вариантов (если кто-то не менял значение системной переменной).
Вроде раньше было достаточно нажать в клиенте "Файл" - "Выход" (установив предварительно параметр bt.grace_shutdown в "Advanced" настройках в значение "true").
Ну, и, как Вы правильно заметили, дождаться исчезновения процесса utorrent.exe в Диспетчере задач.
Или в новых версиях uTorrent нет кнопки "Файл"?
Нажать слева "Все" (All), выделить мышкой первый торрент, затем с "шифтом" - последний и нажать кнопку "Стоп".
Недостатком может являться то, что если Вы захотите потом снова запустить нужные торренты, Вы должны будете вспомнить (или решить), какие нужны.
В инструкции был пропущен пункт о том, что клиент-то всё-таки тоже нужно остановить.