А я мр4 загружаю немного иначе :
1. Упаковываю мр4 в mkv с помощью MKVToolNix (не перекодирую, а упаковываю);
2. Открываю полученный mkv в VirtualDub (должен быть установлен
x264vfw Video Codec);
В сообщении сказано, что исходник имеет аудио VBR, что может привести к проблемам, рассинхрону, например. Достаточно извлечь аудио и перекодить с постоянным битрейтом (CBR) или извлечь аудио, обработать видео и вставить аудио назад.