Спасибо за подсказку, перестал выставлять fps и сразу весь рассинхрон исчез. Перепаковал с m2ts в mkv подряд 5 фильмов не разбирая предварительно на потоки. Использовал mkvmerge 8.2.0.0 - сразу загоняя папку m2ts в данную прогу, убрал лишние аудио-дороги (снял галочки), и на выходе получил качество Blue-ray в mkv с нужными мне переводами.
Может быть кому-то пригодиться мой опыт.