Приветствую.
Задержался с ответом, не пришло подтверждение на почту...
Про "всегда" говорить не буду, но пока из двух просто переименованных ".m2ts" в ".ts" проблем не возникло. Предполагаю, что проблема может возникнуть по причине отсутствия в исходном файле (m2ts) нужной дорожки, которую сможет без проблем выдать "ts" контейнер.
Вообще у меня в инструкции на ТВ Samsung есть таблица в которой указаны поддерживаемые расширения файлов в том числе и "ts" и какие при этом действительны кодеки (аудио и видео).