Ну, Вы пишите, что начальные и конечные кадры совпадают, а рассинхрон к концу фильма нарастает. Либо Вы неправильно фреймрейт определили, либо внутри есть разница в видеоряде. Проверяете так: кадр ближе к началу - кадр ближе к концу - продолжительность. Так же и по второму файлу. Если соотношение будет 25/23.976 - с видео всё в порядке. Если 25/24, не исключено, что ошиблись с фреймрейтом. Если какое-то другое - значит разный видеоряд.