Учитывается. Трекер напрямую не участвует в файлообмене и имеет возможности самостоятельно узнать кто сколько скачал или раздал. Он полностью полагается на отчеты периодически получаемые от торрент-клиентов. А любой клиент сообщит только общий объем отданного на каждой раздаче. Неважно каким способом. Да и сам раздающий торрент-клиент не получает информации о том, каким образом его нашел соединившийся пир.