С АИМПом вообще проблем нет - в него встроен аудиоконвертер. Открываете в нём нужный файл, оставляете галочки только у нужных Вам треков, выбираете желаемый выходной формат, жмёте "Старт" и ... и всё
подробнее рассказано здесь
Lossless: режем и клеим файлы-образы аудио-CD