Воспользуйтесь утилитой
ScanTailor.
Она великолепно работает со сканами, автоматически разбивая на страницы, выравнивая, выставляя поля.
Там есть хороший видеоурок на русском.
Режим для всех страниц выставьте смешанный, жирность увеличьте до 12.
И пройдитесь по всем страницам. Часть, что нечитаема можно пометить как картинку.
В отдельной папке после пакетной обработки будут готовые постраничные сканы в tif
Их можно конвертировать в pdf