Вероятнее всего, что у Вас на одном компе неустойчивый нинет, и когда трекер подводит итог статистике, одного компа нет в онлайне.
К стати хорошая идея держать на каждом компе разные раздачи и постоянно следить на "профиле" какие торренты активны. Список должен быть суммарный.
З.ы. Я подразумеваю, что Вы не просто раздаете с двух компов, а с двух разных IP.