После перезргрузки "буква" диска не изменилась? Если нет - проверьте на проблемных заданиях через Дополнительно-> Загружать в... правильность пути к файлу. Если клиент файла не видит, найдите его правильное расположение. Если видит - попробуйте запустить задание принудительно.
Если проблема появляется после каждой перезагрузки - попробуйте отменить автоматический запуск клиента вместе с системой и запускайте его вручную позже, убедившись в том, что внешний диск "виден" системе.