Можно, но... Только, если вырезанная область все время находится в одном месте. Если вам нужно весь старый кадр уместить в новые размеры - фильтр
resize, если нужно обрезать края, оставив только нужное - фильтр
null transform. В нем задаете кроппинг отдельно для каждой стороны. Оба фильтра встроенные. Во втором случае после кроппинга может потребоваться применение также фильтра resize, для приведения выходных размеров фильма к стандартным (которые делятся на 16). Если нужная область "плавает" по площади исходного кадра, то нужно исходник разделить на куски с одинаковой обрезкой, обработать и потом снова все собрать. Понятно, что размеры кадра, битрейт и т.д. у всех выходных кусков должны быть одинаковыми.