Пользуюсь программой AVI-Mux. Позволяет извлекать и добавлять субтитры, аудио- и видеопотоки. Работает с контейнерами AVI и MKV, что дает возможность перекидать содержимое из одного контейнера в другой (естественно помним об ограниченных возможностях контейнеров). Кушает звуковые дорожки в форматах WAV, MPA/MP3, AC3, DTS, AAC, OGG/Vorbis. Исправляет некоторые ошибки в файлах. Бесплатна. Узнать больше информации и скачать можно
здесь.